La falta de tratamiento y la gestión de los adecuados residuos humanos, agrícolas e industriales crean la causa más importante de flujo del agua.
Las sustancias altamente contaminantes poseen un origen antropogénico (agrario, industrial o el urbano) y en grandes cantidades que han ido alterando las propiedades del agua, no permitiendo su depuración mediante el ciclo natural hidrológico y la hace fatal para el consumo humano, la pesca, la flora, la fauna, la agricultura entre otros.
También, desnuda una problemática que empeora año tras año: el recurso de agua potable se hace más difícil. Los contaminantes provienen de fuentes exactas y no exactas. Las primeras son determinables debido a que cuenta con un origen y un lugar determinado de ingreso al agua. Por ejemplo, las fuentes exactas son dadas durante las descargas de las tuberías industriales y urbanas.
Contaminación derivada de las ciudades
En cambio, las fuentes no exactas son más complejas de identificar y hasta de controlar. Ejemplo la lluvia ácida, los deslizamientos y los contaminantes indefinidos, como los procedentes de las superficies urbanas asfaltadas y las originarias de las zonas de cultivo.
Las aguas negras procedentes de las ciudades, combinadas con las residuales de las industrias, son descargadas en ríos y lagos más cercanos que luego llagan al mar. Los vaciados tienen mucha abundancia de microorganismos nocivos, productos químicos como purificadores, materia fecal, alimentos y todo tipo de impureza (plásticos, papel, latas, excremento, vidrios).
El resultado más grave de este tipo de contaminación es que hace disipa posesivamente en la vida marina. Los contaminantes de principio agropecuario más usuales son los abonos, pesticidas, herbicidas y plaguicidas.
Su presencia incrementa el deterioro de las aguas debido a que en su producción participan, entre otras sustancias químicas, y nitratos. Estos componentes liberados se diluyen en el agua de riego y de lluvia, infiltrándose y siendo esparcidos tanto por la lluvia como el viento.
Con relación a la actividad industrial, tanto la metalurgia, como la minería y otras industrias usan agua para procedimientos productivos de transporte, refrigeración y otros procesamientos. Los desechos de estos métodos acarrean una gran diversidad de materiales y desechos contaminantes que son dejados en los lagos, ríos, y océanos, contaminando con brea, hidrocarburos, aceites minerales, petrolero, fluoruros y otros tipos de compuestos que tienen sustancias químicas tóxicas como selenio, plomo, arsénico, mercurio, manganeso y hasta radiactivos.